정부는 16일 오전 9시부터 열린 임시국무회의에서 마산사건주모자와 배후조종자를 색출하여 엄중 처벌한다는 강력대책을 수립하였다. 내무장관은 이같은 정부방침을 밝히면서 이들에게 형법 또는 국가보안법 등이 적용될 것임을 언명하였다. 또한 내무장관은 마산사건을 가리켜 “폭동, 소요, 내란을 일으킬 의도가 충분히 있었던 것으로 본다”고 말한 다음 민주당 중앙당부와 도당부의 배후 조종 여부, 공산당의 개입여부도 철저히 밝혀낼 것이라고 강조하였다.
정부는 국무회의에서 군·경·검이 합동으로 작성한 마산사건의 정세보고를 검토한 다음 이같은 결정을 내린 것이며, 이러한 방침은 자유당과도 합의된 것이다.『동아일보』1960. 3. 17 조1면
