29일, 고려대 학생 13명이 내란 및 소요죄로 군재에 기소되어 첫 공판을 받았다. 수도경비사계엄보통군법회의는 첫 공판을 열고 인정신문과 공소장 낭독을 마친 다음, 변호인단이 낸 “재판관할권에 관한 재정신청”을 받아들여 대법원의 재정이 있을 때까지 공판을 무기연기했다. 변호인단은 군법회의에 관할권이 없다는 이유로 피고인들의 행위는 6·3계엄선포 전의 일이므로 계엄법(16조)의 적용을 받지 않으며, 공소사실이 모두 진실된 것이라 하더라도 내란죄는 성립되지 않는다는 등 이유를 들었다. 공소장 요지는 다음과 같다.『경향신문』 1964.6.29 석2·7면, 『동아일보』 1964.6.29 석3면공소장(요지)〈제1〉피고인 이경우, 손옥백, 김병길, 김광현, 공소 외 도피 중인 김재하, 박정훈, 이명박, 최장집, 김덕규 등은 박정희 대통령이 영도하는 공화당 정부가 누적된 부정부패와 불신 현상의 광정을 요구하는 학생들의 열망을 묵살하고 천정부지의 물가고와 실업군중의 범람으로 집약되는 민생고를 해결할 능력이 전혀 없으며, 더욱 작금 추진 중인 한일회담이 일본 신제국주의의 경제침략에 대하여 조국을 무방비상태에 방치하는 계기가 될 것이라고 경신하여 여사한 일련의 정치적, 경제적인 정세는 현 정권을 타도치 않고는 바로잡을 길이 없다고 속단한 나머지 국헌을 문란할 목적으로 1964년 6월 1일 서울 시내 고려대학교 법학회실에서 회동하고 ‘구국투쟁위원회’란 명칭의 비밀결사조직, 6월 2일 11시를 기하여 대규모적인 반정부데모를 감행하여 무정부적 무질서 상태를 조성하고 결국에는 정부를 전복할 것을 모의, 대정부투쟁을 선언하고 피의 투쟁을 통한 현 정권타도를 외침으로써 참집한 학생군중으로 하여금 극도의 정부 불신감과 정부타도의 동조적 분위기를 조성케 한 후 시위에 돌입, 6월 3일에는 경찰의 치안기능을 마비시켜 흡사 무정부상태를 방불케 하는 극심한 난동을 자행하여 도합 약 450여 만 원 상당의 공공기물 및 건조물 등을 손양하고 경찰관 960여 명에게 상해를 입히는 등 민주적 기본질서를 파국 직전에 몰아넣어서 폭동을 하였음〈제2〉피고인 김병길은 1964년 5월 20일 14시경 서울대학교 문리과 대학 교정에서 서울 시내 각 대학생 등 약 2,000여 명과 더불어 소위 ‘황소식 민족적 민주주의 장례식’ 및 성토대회에 참석하여 정부불신감 내지 반정부적 감정으로 충만된 분위기에 휩쓸린 채 다수 군중이 합법적인 절차를 무시하고 가두시위를 감행할 경우에는 경비에 동원된 경찰관 등과 일대 충돌이 야기되고 무질서상태를 초래케 한다는 사실을 지실하고 있음에도 불구하고 극도로 흥분된 전시(前示) 2천여 군중과 더불어 민족적 민주주의를 시체에 비유하고서 입관시킨 모의(模擬)관을 선두로 동일 15시경 교문을 출발하여 난동시위에 돌입함.
