쿠데타에 성공한 박정희 등 주도세력은, 쿠데타 직후에 국민들에게 조속한 시일 내에 민간정부를 구성하겠다고 약속했지만 이를 어기게 된다. 김종필을 비롯한 핵심 세력은 은밀하게 공화당을 창당하게 된다.
그 과정에서 증권파동, 워커힐 사건, 회전당구기사건, 그리고 새나라자동차 사건 등 이른바 4대 의혹사건에 휩싸이게 된다. 이 사건들은 군사정부가 정치자금을 마련하기 위해 저지른 추악한 사건들로 구악을 일소한다는 군사정부가 저질렀다고 하여 ‘신악’이라는 용어가 생겨날 정도였다.
그리고 재벌에게 각종 특혜를 제공하였고, 싼 이자의 외자를 알선하고 지급보증을 서주기까지 했는데, 삼성도 정부로부터 지급보증을 받아 미쓰이로부터 차관을 들여와 울산에 세계 최대의 요소비료공장인 한국비료를 건설하고 있었다. 그런데 이 한국비료가 건축자재로 위장하여 당시 설탕 대용으로 인기있던 사카린 55톤을 밀수하여 판매하다 적발되어 정치문제로 비화되었고, 결국 이병철 회장은 회사 주식의 55%를 정부에 헌납함으로써 진정되었다. 그러나 이 사건은 차관 알선 대가로 정치자금을 마련하는 과정에서 박정희 정권의 묵인하에 저질러진 것으로 밝혀졌다.
선거에서도 부정이 대대적으로 저질러졌다. 3번씩의 대통령선거와 국회의원 선거가 치러졌는데, 그때마다 박정희 정권은 대리투표, 사전투표, 무더기투표 등 부정을 저질렀다. 특히 1967년에 치러진 7대 국회의원 선거에서는 3선개헌을 위한 국회 정족수를 확보하기 위해 박정희 대통령이 직접 발벗고 나서는 등 사상 유례없는 선거부정이 저질러졌다.
또한 반대세력을 제거하기 위한 테러가 끊이질 않았다. 정치인, 언론인, 학생을 가리지 않고 통치에 걸림돌이 되는 사람들에게 비인간적인 폭력을 행사했다.
심지어는 자신들에게 불리한 판결이나 재판을 하는 판사들에게까지 위협을 가하여 영향을 미치려 했으며, 정권이 위기에 처할 때마다 대규모 간첩단 사건을 조작하여 발표함으로써 공안정국을 조성하여 국민들을 협박했다.
정통성이 취약한 박정희 정권은 집권 기간 내내 비리와 편법으로 일관하였다.