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윤보선 대통령 활동 모습

제2공화국의 헌법체계는 의원내각제를 채택하고 있었다. 따라서 국정은 국무총리를 중심으로 한 내각에서 책임을 졌고, 대통령은 형식상 국가를 대표할 뿐인 상징적 존재였다.
1960년 8월 12일 민의원, 참의원 합동회의에서 대통령에 선출되어 다음날 취임한 윤보선은 상징적 국가의 최고지도자였으며, 국정을 실질적으로 주도하는 내각 수반으로 선출된 장면 국무총리와 함께 제2공화국을 이끈다.
8월 19일에 출범한 장면내각이 5.16쿠데타로 해산되자 윤보선도 5월 19일에 대통령직 하야를 발표하지만 다음날 이를 번복하고 대통령직을 유지한다. 그리고 이날 장도영 중장을 수반으로 하는 혁명내각이 출범한다.
실권을 장악한 국가재건최고회의 의장 박정희와 불안한 동거를 10개월 정도 하다 결국 박정희에게 사임서를 제출하고 62년 3월 21일 물러난다.