1989년 11월 7일 오전 10시 서울형사지법합의21부(재판장 황상현 부장판사) 심리로 대법정에서 밀입북사건과 관련 국가보안법위반 혐의로 구속기소된 문규현 신부에 대한 첫공판이 열렸다. 이날 재판부는 문규현 신부의 요청을 받아들여 11월 13일 임수경씨와 함께 재판을 하기로 했다. 

1990년 2월 5일 재판부는 문규현신부(41)에게는 징역 8년ㆍ자격정지 8년을 선고했다. 이후 문규현 신부는 항소심에서 징역 5년, 자격정지 5년을 선고받고 복역하던 중 1992년 12월 가석방되었다.