1989년 1월 13일 오후, 서울대총학생회는 교내 학생회관 2층 라운지에서 '고 박종철 열사 2주기 추모 및 고문학살정권 퇴진을 위한 범관악인결의대회'를 가졌다. 이날 학생들은 '박종철 열사의 2구기를 맞은 오늘 고문범죄자 이근안 경감과 같은 자들의 도피가 묵인되고 있는 상황은 6공화국이 5공화국의 쌍생아임을 확인시켜주는 것'이라며 '현재의 모순과 폭압이 막을 내리는 그날까지 더욱 굳건히 단결하여 싸워나가자'고 결의했다. 

1989년 3월 3일, 박종철 열사의 초혼장이 '민주열사 박종철 초혼장 장례위원회'(위원장 백기완) 주최로 서울대 아크로폴리스 광장에서 유가족과 재야인사, 학생, 시민 등 1천여 명이 참석한 가운데 열렸다. 참석자들은 이날 초혼장을 마치고 3시 30분경 관을 실은 꽃차를 앞세우고 노제를 지내기로 한 남영동 대공분실로 향했으나 경찰의 저지에 막혀 교문앞과 봉천사거리에서 3시간 30분 동안 대치하다 봉천사거리에서 약식으로 노제를 지낸 뒤 7시경 장지인 경기도 모란공원으로 출발, 밤늦게 하관식을 가졌다. 이날 초혼장에서 박종철 열사의 어머니 정차순 씨는 유가족 인사에서 "민주주의 제단에 바친 아들 목숨을 헛되이 하지 않도록 살아 있는 우리 모두 노력하자"고 말했다. 아버지 박정기 씨와 어머니 정씨는 박종철 열사의 유골이 뿌려졌던 임진강 지류에서 2일 파온 흙과 옷, 추모집 등을 관에 넣었다.