구로구청 사건은 투표과정에서 뿐만 아니라, 선거이후, 그리고 1988년 국정감사장에서도 활발하게 논란이 되었으며, 정치적, 사회적으로 큰 관심의 대상이 되었다. 당시 제기된 의혹은 다음과 같다. 첫째, 규정상 투표함은 선거일 오후 6시 이후에 옮겨져야 하지만, 투표가 진행 중이었던 11시 20분 경에 이송하려고 하였던 점. 둘째, 투표함은 적법한 절차에 의해 이송해야 하는데, 구로구 선거관리위원장(심일동, 서울지법 남부지원 부장판사)도 모르는 가운데, 빵 등과 함께 이송하려고 한 점.셋째, 구로구청 별관 3층에서 발견된 투표용지, 인주, 붓두껍, 도장, 면장갑의 용도에 관한 의혹에 대해서 해명이 불충분한 점. 넷째, 부재자 신고서류철에는 부재자 신고자의 날인이 거의 대부분 검은 볼펜 사인으로 되어 있다는 점(날인으로는 무인과 도장만이 법적 효력을 가지며 사인은 사용할 수 없음) 다섯째, 왜 그렇게 서둘러서 과잉진압을 할 수밖에 없었냐는 점 등이다.
참고로 민주화운동 관련자 명예회복 및 보상심의위원회(위원장 이우정.李愚貞)는 2001년 3월 6일 제14차 회의를 열고 최근 민주화운동으로 성격이 규명하였다.