1991년 5월 8일 서강대 건물 옥상에서 전국민족민주운동연합(전민련) 사회부장 김기설이 노태우 정권 퇴진을 외치며 분신하는 사건이 발생하자 검찰은 김기설의 동료였던 전민련 총무부장 강기훈이 유서까지 대신 써주며 자살을 방조했다고 발표했다. 강기훈은 유서 필체가 자신 것과 다르다며 정권에 의해 철저히 조작된 사건이라고 주장했지만,  검찰과 법원은 '유서의 필적은 숨진 김 씨가 아닌 강 씨의 것'이라는 국립과학수사연구원(국과수)의 필적 감정 결과를 근거로 강기훈의 유죄를 인정하였다. 법원은 92년 7월 강기훈에게 징역 3년에 자격정지 1년 6개월을 선고했으며, 강기훈은 복역 후 1994년 8월에 만기 출소하였다.

2007년 11월 진실ㆍ화해를 위한 과거사 정리위원회(진실화해위)는 강기훈이 김기설의 유서를 대신 쓰지 않았다고 결론내렸다. 진실화해위는 '김 씨의 필적이 담긴 <전대협 노트>와 <낙서장>을 새로 발견해 국과수 및 7개 사설 감정기관에 필적 감정을 의뢰한 결과, 유서의 필적은 김 씨 본인의 것이라는 감정 결과를 통보받았다.'며 법원에 재심을 권고했고, 강기훈은 이듬해 1월 법원에 재심을 청구하였다.

서울고법 형사10부는 2009년 9월 김기설의 유서를 대필하였다는 수사와 재판 결과는 잘못되었다며 강기훈이 낸 재심 청구를 받아들여 사건을 다시 심리하기로 하였다고 밝혔다. 이에 서울고검 공판부는 2009년 9월 법원의 결정에 대해 재항고했고, 대법원에서 18년 만에 재판을 다시 진행할지 여부를 최종 심리하게 되었다. 그러나 대법원은 3년이 지나도록 특별한 이유를 밝히지 않은 채 결정을 미뤄오던 중, 2012년 10월 19일 강기훈 유서대필 사건에 대해 검찰의 재항고를 기각하고 재심 개시를 결정했다고 밝혔다.

2012년 12월 20일 재심이 이뤄진 후, 2013년 10월 10일 재심 과정에서 전대협 노트와 김기설 씨의 평소 글씨에 대한 감정이 국과수에 의뢰되었고, 국과수는 두 달 뒤인 12월 11일 김기설 씨의 필적이 맞다는 결과를 내놓았다. 2014년 2월 13일 서울고법은 1991년 제시된 국과수의 감정결과는 신빙성이 없다는 판단하에 강기훈에게 무죄를 선고하였다. 하지만 2월 19일 검찰이 서울고법에 상고장을 제출함에 따라 이 사건에 대한 판단은 대법원으로 넘어가게 되었다. 그리고 2015년 5월 14일 대법원은 재심에서 자살방조 혐의에 대해 무죄를 선고한 원심을 확정했다. 

이후 강기훈과 그의 가족은 2015년 11월 수사 과정의 위법 행위로 유죄 선고를 받아 정신적 손해를 입었다며 유서대필조작사건과 관련해 국가, 강신욱 전 서울중앙지검 강력부장, 신상규 전 서울중앙지검 강력부검사, 필적감정을 한 김현영 전 국립과학수사연구원 감정인을 공동피고인으로 31억원의 국가배상청구소송을 제기했다. 2017년 7월 6일 1심 재판부인 서울중앙지법 민사37부는 김 전 감정인의 책임을 인정하고 6억8600만원을 지급하라고 선고했지만 나머지 청구는 기각했다. 이날 강기훈의 국가배상청구사건에 대한 대한민국 소송수행청인 서울중앙지검(공판3부)은 항소를 제기하지 않겠다고 밝혔다. 7월 24일 강기훈과 가족들은 법원의 1심 판결에 대해 항소를 제기했다.