여소야대의 상황에서 야당에게 정국의 주도권을 상실한 노태우는 1989년 3월 문익환 목사의 방북을 계기로 공안합동수사본부를 설치해 민주화운동 세력에 대한 대대적인 탄압에 나섰다. 노태우는 문익환 목사의 방북이 보수세력을 총결집시킬 수 있는 절호의 계기라고 생각했다. 제도권 야당은 민주화운동 세력에게 가해지는 탄압을 관망하고 있었다. 7월에는 서경원 의원 밀입북사건이 발표됐다. 이번에는 김대중의 평민당이 희생물이 됐다. 김영삼과 김종필은 야권공조는커녕 오히려 평민당의 곤경을 즐기고 있었다. 노태우의 공안정국으로 야당과 민주화운동 진영간의 연대는 물론 야3당 간의 공조도 깨지고 말았다. 그리고 그 와중에 보수대연합의 움직임이 자연스럽게 형성됐다.
전두환의 국회 증언으로 5공 청산문제가 여야 합의로 매듭진 지 한 달이 채 안된 1990년 1월 22일 노태우, 김영삼, 김종필 세 사람이 청와대에서 만나 3당 합당을 선언했다. 이들은 3당 합당의 명분을 중도민주세력의 대단합으로 정치적 안정을 도모하기 위해서라고 발표했지만 서로간의 속셈은 달랐다. 노태우는 정국의 주도권을, 김영삼은 차기 대권을, 김종필은 집권여당 내의 권력 지분을 각기 노렸다. 3당 합당으로 탄생한 민자당은 원내 의석의 2/3가 넘는 214석의 의석을 차지해 정국의 주도권을 장악했다. 그러나 그것은 중도민주세력의 연합이 아니라 반민주연합, 반호남연합에 불과했다. 또한 총선에서 여소야대를 선택한 국민에 대한 중대한 배반이었다.
3당 합당의 발표는 야당 및 재야의 즉각적인 반발을 야기했다. 평민당은 3당 합당이 민주적 절차나 국민의 동의 없이 이루어진 ‘정치쿠데타’라고 규탄했다. 또한 전민련 등 재야운동권은 3당 합당을 기득권 유지를 목표로 보수대연합의 포장 속에 반민중성과 반역사성을 드러낸 당파적 야합의 반민주적 음모라고 비난했다. 전국민족민주운동연합, 전국노동조합협의회, 전국대학생대표자협의회 등 재야?노동?농민?학생단체들은 ‘민자당 장기집권 음모 분쇄와 민중기본권 쟁취 대책회의’를 구성하고 민자당 해체와 노태우 퇴진운동을 벌여나갔다. 운동단체들은 3당 야합을 미국의 조정에 따른 1당독재와 민중운동 탄압 음모라고 주장하고, 모든 애국 민주세력은 총단결하여 정계개편의 본질 폭로와 저지투쟁에 강력히 나서자고 촉구했다.