해방 후 한국과 일본의 국교 정상화를 위한 시도는 6.25전쟁이 한창이던 1951년 10월에 연합군사령부의 중재로 처음 시도되었지만 이승만 정권 기간에 몇 차례의 굴곡을 거치면서 지지부진하게 진행되었다.
그러나 쿠데타로 정권을 잡은 박정희 정권에게는 절대적으로 자금이 필요했다. 따라서 박정희 정권은 조속히 한일회담을 성사시키기 위해 서두르기 시작한다. 62년 11월 도쿄에서 중앙정보부장 김종필과 일본 외상 오히라가 메모 형태로 협정안에 합의한 뒤 급물살을 타기 시작한 한일회담은 굴욕적인 협상이라는 야당과 학생, 시민들의 거센 저항에 직면한다.
하지만 청구권 자금 무상 3억 달러를 비롯해 유상 2억 달러, 상업차관 3억 달러에 눈이 먼 박정희 정권은 비상계엄을 선포하고 휴교령을 발동하는 등 극단적인 방법으로 국민들의 반발을 제압하고 협정을 체결한다.
1965년 6월 22일, 이동원 외무장관과 시이나 외상이 참석한 가운데 협정이 조인되고, 8월 14일 국회에서 야당의원들의 처절한 저항 속에 비준안이 통과된다. 12월 18일 한일간 협정비준서를 교환, 정상국교관계에 들어섰다. 

1964년에 접어들어 한일협정을 반대하는 목소리가 커지고 이를 저지하려는 움직임이 구체화되기 시작한다. 3월 23일 김종필이 도쿄에서 오히라 외상과 협정안 타결에 합의했다는 소문이 전해지면서 이튿날 서울대를 비롯한 서울시내 대학생 4000여 명이 김종필의 즉시 귀국을 요구하는 시위를 벌이는 등 시위가 확산되자 박정희는 서둘러 김종필을 귀국시킨다. 하지만 이는 박정희 정권의 기만술임을 알아차린 학생들의 시위는 더욱 격화된다. 
5월 20일 서울대 문리대생들이 김종필이 주장한 민족적 민주주의 화형식을 거행한 뒤 격렬한 시위를 벌였으며, 5월 말부터는 단식투쟁에 돌입했다. 이후 시위가 걷잡을 수 없게 확대되어 학생들이 대거 거리로 몰려나왔다. 이에 놀란 박정희 정권은 6월 3일, 계엄령을 선포하여 군부대를 투입하고 주요 대학에 휴교령을 발령한다.
이후 박정희 정권은 인혁당사건 등 각종 간첩사건과 공안사건을 조작하여 학생운동을 탄압하고 반대세력을 제거하는 데 몰두한다.