5차 범민족대회는 당국의 대대적인 무장진압이 있었다. 경찰은 대회시작 직후인 9시35분쯤 전경 61개중대 7천여명의 병력을 교내로 투입,최루탄을 쏘며 해산에 나섰다.
찰이 진입하자 한총련소속 사수대 1천여명은 쇠파이프를 휘두르며 격렬히 저항했고 이 과정에서 학생과 경찰 2백여명이 부상했다.
경찰은 이날 오후 1시20분부터 1시간동안 경찰 헬기 5대를 띄워 범민족대회가 열리던 서울대 대학 본부앞 잔디광장에 최루액 4천여ℓ를 뿌렸다. 경찰은 또 오후 4시 열릴 예정이던 조국통일범민족청년학생연합(범청학련)총회를 막기 위해 오후 3시30분과 45분쯤 정문과 도서관 앞에 최루가스와 함께 최루액 1천여ℓ를 뿌렸다. 학생들은 이에 맞서 소방 호스를 끌어내 공중으로 물대포를 쏘는등 격렬하게 저항했다. 경찰이 대회를 해산시키고 철수하자 교내 곳곳으로 흩어졌던 참가자들은 서울대 본관앞 잔디밭에 다시 집결해 15일 새벽까지 「개막식및 국토순례단 환영식」 「통일문화제」등 행사를 치렀다.
범추본은 대회 마지막날인 15일 오전 교내에서 범민족회의를 갖고 평화협정체결,남북정상회담 조속개최,민간통일운동에 대한 탄압중지,남북합의서이행,국가보안법폐지,민주적 합의를 거친 통일방안의 정립등을 촉구하는 결의문을 채택했다.