1990년 5월 19일 출범한 4기 전대협은 조국통일사업의 일환으로 8?15 범민족대회와 반민자당 투쟁을 주요 사업으로 전개했다. 그 해 8월 연세대에서 열린 제1차 범민족대회는 경찰의 봉쇄 방침에도 불구하고 2만여명의 청년학생들이 모인 가운데 성대히 치러졌다. 전대협과 그 후신 한총련은 범민족대회를 성사시켜 조국통일에 대한 강한 의지를 드러냈다.
5기 전대협은 1991년 4월 11-12일 연세대에서 열린 정기총회에서 반민자당 민주연합전선 구축을 중심과제로 채택해 반민자당 투쟁을 본격화했다. 이 와중에 명지대생 강경대가 사망했고, 전민련?전노협 등 55개 단체와 평민당까지 참여해 공안통치 종식을 위한 본격적인 투쟁에 돌입했다. 1991년 5월 투쟁은 1990년대 최대의 투쟁이었다. 그러나 5월 투쟁은 규모면에서 6월항쟁에 못지않았으나 구체적인 투쟁의 목표를 제시하지 못해 결국 아무 성과도 없이 실패로 끝나고 말았다. 정원식 사건과 김기설 유서대필사건 이후에는 중간층이 민주화운동에서 등을 돌리기 시작했다.
1993년 김영삼 정권이 등장하면서 학생운동은 더욱 위축됐다. 그 해 4월 25-27일 한총련이 창립돼 조직의 결합 수준은 전대협보다 높았으나, 전체 역량은 전대협과는 비교가 안 되게 위축됐다. 한총련이 위축된 데는 동구 사회주의권의 몰락도 큰 역할을 했다. 사회주의가 실패함으로써 변혁운동의 이념적 대안이 사라졌기 때문이다. 한총련은 이러한 상황을 극복하기 위해 통일운동에 더욱 매진했으나, 북측의 주장에 너무 경도된 통일운동은 학생들 내부에서조차 크게 설득력을 얻지 못했다.
김영삼 정권은 김일성 조문 파동 이후 대북정책에서 강경보수 일변도로 나아가, 한총련의 범민족대회와 여타 대북 접촉활동을 모두 불법으로 규정하고 대대적인 탄압을 벌였다. 1996년 8월 12-20일 연세대 사태는 학생 5,713명 연행, 465명 구속 등 학생운동 탄압의 절정을 이룬 사건이었다. 김영삼 정권은 한총련을 이적단체로 규정하였고, 1997년 대구대 등이 한총련에서 탈퇴했다. 학생운동 진영도 분화됐다. 한총련으로 대표되는 학생운동의 위축은 1990년대 전체 변혁적 민족민주운동의 위축과 궤를 같이했다.
청년운동 역시 6월항쟁을 거치면서 조직적으로 크게 발전했다. 6월항쟁에서 민주화 시위에 참여한 많은 청년들이 민주화운동청년연합의 깃발 아래 모여들었다. 민청련 회원이 대중적으로 확산되면서, 민청련의 성격도 초기의 선전직 활동가 위중에서 청년 대중조직으로 변하기 시작했다. 이에 따라 민청련 운동의 재검토가 요망됐다. 1989년 1월 19일 민청련이 중심이 돼 전국청년단체대표자협의회가 창립되었고, 전청대협은 전대협과 함께 범민족대회 개최와 조국통일범민족연합 결성에 주도적으로 참가하는 등 조국통일투쟁에 적극 매진했다.
전청대협은 1992년 2월 한국민주청년단체협의회로 확대 개편됐다. 한청협은 총선과 대선 방침으로 범민주 단일후보론을 결정하고 선거투쟁을 전개했다.