1964년 3월 한일회담이 본격화되자 학생과 시민의 반대가 격렬해지기 시작했다. 1964년 3월 24일 서울대학교 시위를 시작으로 고등학생까지 참여한 학생시위는 전국 주요도시로 계속 번져나갔다. 6월 3일에는 1만2천여 명의 학생과 시민이 광화문까지 진출하며 정권퇴진을 요구하기에 이르렀고, 이날 밤 9시 50분 서울시 전역에 8시부터 소급 실시되는 비상계엄령이 선포되었다. 6월 4일 자정부터 육군 4개 사단이 진주하였고 대량 검거가 시작되었다. 7월 29일 계엄이 해제되기까지 55일 동안 구속된 인원은 학생 168명, 민간인 173명, 그리고 언론인 7명으로 총 348명이었다. 5·16 이래 최대의 위기를 맞은 박정희 정권은 밖으로부터의 압력과 내부로부터의 저항 속에서 정권을 보다 더 튼튼하게 다질 조치가 절실하게 필요하였다. 이에 중앙정보부장 김형욱은 1964년 8월 14일 세칭 ‘인혁당 사건’을 발표하여 한일회담 반대투쟁의 열기를 꺾으려 하였다.

1964년 8월 14일 김형욱 중앙정보부장은 기자회견을 소집 "북괴의 지령을 받고 대규모적인 지하조직으로 국가를 변란하려던 인민혁명당 사건을 적발, 일당 57명 중 41명을 구속하고 나머지 16명은 전국에 수배 중에 있다"고 발표했다. 중앙정보부 발표에 의하면, 인민혁명당은 1962년 1월 “북한으로부터 특수 사명을 띠고 남하한 간첩 김영춘, 민주민족청년동맹 경북도 간사장이던 도예종 등이 발기인회를 갖고, 외국군 철수와 남북 서신·문화·경제교류를 통한 평화통일을 골자로 한 노동당 강령 규약을 토대로 발족”했고, 3·24 학생 시위가 일어나자 불꽃회 간부 등을 포섭, 배후조종하여 현 정권 타도와 국가 변란을 음모했다는 것이다. 중앙정보부는 47명을 송치하였다.

사건을 담당한 공안부 검사(이용훈, 최대현, 김병리, 장원찬)들은 구속연장 만료일인 9월 5일, 만장일치로 기소를 거부하였다. 그들은 "관련자들이 북괴의 지령을 받고 불온단체를 조직했다는 혐의는 하나도 없다"면서 "양심상 도저히 기소할 수 없었으며 공소를 유지할 자신이 없었다"고 항명의 경위를 밝혔다. 이용훈 부장검사, 김병금, 장원찬 검사는 동시에 사표를 제출하였다. 중앙정보부는 검찰에 압박을 가해 이 사건을 당시 숙직담당 검사를 통해 간신히 기소할 수 있었다. 기소 뒤에 피의자들에 대한 고문사실이 터져 나오기 시작했다. 한국인권옹호협회에서는 인혁당 사건의 무료 변호를 맡기로 결정하고, 피고인들에게 가해진 혹독한 고문 내용을 폭로하였다. 그 뒤 한신옥 검사가 47명 중 26명만을 국가보안법 위반 혐의로 구속 기속하였으나, 재수사 결과 14명이 공소 취하되고 나머지 12명은 반공법 위반으로 공소 변경되었다. 1965년 1월 20일 서울 형사지법 합의 2부(재판장 김창규)는 피고 13명 중 도예종에게 반공법 4조를 적용해 징역 3년, 양춘우(추가 기소)에게 징역 2년을 선고하고, 나머지 피고인 11명에 대해서는 전원 무죄 판결을 내렸다. 김형욱 중앙정보부장이 발표한 어마어마한 국가변란사건은 용두사미로 끝을 맺었다.

제1차 인혁당 사건은 이후 독재정권이 위기를 맞을 때마다 거의 단골 메뉴로 등장하다시피 하는 용공조작사건의 전형을 보여준 시초였다. 그러나 고문으로 조작된 조직사건을 통해 정치적 위기를 돌파하려던 박정권의 시도는 성사되지 못했다. 인혁당 사건의 망령은 10년 뒤, 1차 인혁당 사건 당시 검찰총장이었던 신직수 중앙정보부장과 중앙정보부 5국 대공과장이었던 이용택 중정 6국장의 손에 의해 또다시 제2차 인혁당 사건으로 부활하게 된다.

주요출처: 민주화운동기념사업회 연구소 편, 『한국민주화운동사 연표』 민주화운동기념사업회 기획/ 서중석 저,『한국현대사 60년』