1989년 3월 지하철공사 노조원들은 파업 찬반투표를 거쳐 투표의 결과에 따라 파업을 실시하였다. 이들은 자신들의 의지관철을 위해 조합원총회와 시청앞 지하철역에서 잇달아 시위를 가졌다. 노조원들은 대통령과 지하철공사 그리고 고건시장이 시민들의 발을 볼모로 자신들의 민주노동투쟁을 탄압한다는 포스터를 붙여놓고 시민들에게 자신들의 상황을 호소하고 있었다.
3월 15일 고건시장 주재하에 지하철 노조와 사용자측간의 노사협의가 열렸으나 합의가 이뤄어 지지 않고 결렬되었다. 이 농성으로 인해 중단되었던 지하철 운행은 다시 운행되었으나 근본적인 해결책이 제시되지 않아 같은해 11월 다시 지하철노동쟁의가 발생하였다.
1989년 11월 군자동 지하철 기지에서 지하철 노조원들의 파업이 있었다. 이에 즉각적으로 공권력이 투입되어서 많은 파업관련 노조원들이 연행되었다. 경찰들은 파업이 진행되고 있는 군자동 기지로 잠입하기 위하여 기지 담벼락에 사다리를 설치해 이를 이용하여 기지로 들어갔다. 이들 대부분은 농성혐의로 연행되었다가 훈방 조치되어 경찰서에서 걸어나갔다.